Les champignons entomopathogènes provoquent généralement une infection lorsque les spores entrent en contact avec l'hôte de l'arthropode. Dans des conditions idéales de températures modérées et d'humidité relative élevée, les spores fongiques germent et percent la cuticule de l'insecte par dégradation enzymatique et pression mécanique pour pénétrer dans le corps de l'insecte. Une fois à l'intérieur du corps, les champignons se multiplient, envahissent les tissus de l'insecte, sortent de l'insecte mort et produisent davantage de spores. Les épizooties naturelles de champignons entomophtoraleens tels que Entomophaga maimaiga (chez la spongieuse), Entomophthora muscae (chez les mouches), Neozygites fresenii (chez les pucerons), N. floridana (chez les acariens), et Pandora neoaphidis (chez les pucerons) sont connues pour provoquer des réductions significatives des populations d'hôtes. Bien que ces champignons fastidieux soient difficiles à cultiver en milieu artificiel et n'aient pas le potentiel pour être vendus comme biopesticides, ils sont toujours importants dans la lutte naturelle contre certaines espèces de ravageurs. Les champignons hypocléaniques tels que Beauveria bassiana, Isaria fumosorosea, Hirsutella thompsonii, Lecanicillium lecanii, Metarhizium acridum, M. anisopliae et M. brunneum, d'autre part, sont vendus comme biopesticides dans de multiples formulations dans le monde entier.
