Symulacja danych z mapowania przez eksperymenty sekwencjonowania, (Paperback)

Niedawne postępy w technologiach sekwencjonowania nowej generacji (NGS) skrócily czas potrzebny na identyfikację mutacji w genetyce wyprzedzającej, jednym z glównych sposobów charakteryzowania funkcji genów u roślin. Metodologia stosowana do identyfikacji mutacji indukowanych przez mutageny fizyczne lub chemiczne w populacji mapującej jest znana jako mapowanie przez sekwencjonowanie. Wśród różnych technik wykorzystujących tę metodologię wyróżnia się mapowanie nowej generacji (NGM), ponieważ wymaga niewielkiej liczby mutantów w populacji mapującej. Jednak w opublikowanych pracach nie jest jasne, dlaczego parametry użyte do utworzenia populacji mapującej (liczba osobników, liczba mutantów, sposób krzyżowania) i do sekwencjonowania (zastosowana platforma, metoda sekwencjonowania, pokrycie) zostaly wykorzystane w eksperymentach. Z tego powodu opracowano potok bioinformatyczny, który umożliwia symulację danych z eksperymentów wykorzystujących technikę NGM z modelową rośliną Arabidopsis thaliana, jedną z najczęściej badanych i sekwencjonowanych roślin w literaturze.